吴巨慧，男，浙江衢州人，1972年6月出生，副研究员。

1996年7月毕业于浙江师范大学历史系历史学教育专业，获历史学学士学位；2003年6月获浙江大学管理学硕士学位（在职）；2009年晋升副研究员；业务专长从事高等教育管理。1996年8月至2023年12月先后任浙江大学材料与化学工程学院团委辅导员、浙江大学材料与化学工程学院团委副书记、浙江大学竺可桢学院团委书记、浙江大学团委副书记、浙江省杭州市江干区人民政府副区长（挂职）、浙江大学紫金港校区西区基本建设指挥部副总指挥兼基本建设处副处长、浙江大学求是学院丹阳青溪学园党总支书记兼主任、浙江大学教育学院党委书记兼副院长。2023年12月起任浙江工业大学党委副书记。